高中生偵探工藤新一，被稱為“日本警察的救世主”、“平成年代的福爾摩斯”。一次在與青梅竹馬的女友毛利蘭去游樂園游玩時，發現兩個行動詭異的黑衣人。新一跟蹤他們直到交易現場，另一個黑衣人趁其不注意從后面將他一棒擊倒，并灌下一種名為APTX4869的神秘毒藥企圖殺他滅口，但因為副作用他的身體竟回到發育期的孩童狀態。考慮到要是黑衣人知道他還活著的話，必將使周圍的親朋好友受到牽連，于是新一化名為“江戶川柯南”，寄住在毛利蘭的家中，想借助其父親、擔任偵探的毛利小五郎的力量來找尋黑衣人。